Zakład Geomorfologii powstał w 1967 r., w okresie przekształcenia Katedr Geografii w Instytucie Geografii. Pierwszym jego kierownikiem był Mieczysław Klimaszewski, a następnie Ludwik Kaszowski. i Kazimierz Krzemień. Obecnie funkcję tę pełni Elżbieta Gorczyca.
Zakład nawiązuje do tradycji L. Sawickiego, J. Smoleńskiego, J. Szaflarskiego, A. Wrzoska, E. Romera, J. Flisa, Z. Czepnego i M. Klimaszewskiego. Sformułowane przez M. Klimaszewskiego, z początkiem lat 50. XX w. zasady kartowania geomorfologicznego i konstrukcji map geomorfologicznych miało decydujący wpływ na rozwój geomorfologii. Rozwinięto także kierunek geomorfologii dynamicznej w celu poznania dynamiki procesów morfogenetycznych w oparciu o pomiary terenowe.
W latach 60. zapoczątkowano badanie dynamiki koryt rzecznych. Opracowanie L. Kaszowskiego z 1965 r. zapoczątkowało nowy kierunek badawczy krakowskiej geomorfologii. Potrzeba szczegółowych badań procesów morfogenetycznych zainspirowała utworzenie Stacji Naukowej w Łazach koło Bochni.
Nowoczesne laboratoria na III Kampusie UJ umożliwiają dalszy rozwój badań. Są to laboratoria sedymentologiczne, niskich temperatur oraz laboratorium dendrogeomorfologiczne. Dzięki staraniom kilku osób szczególnie A. Michno, B. Izmaiłow i M. Bonieckiego w dłuższym okresie czasu rozwinięto dobrze wyposażone laboratorium do badań sedymentologicznych osadów.
Na dalszy rozwój badań ma szczególny wpływ, zorganizowane od podstaw, przez Dominikę Wrońską-Wałach i doposażone przez Elżbietę Gorczycę laboratorium dendrogeomorfologiczne. Od lat 70. XX w. rozwijano również badania ekspedycyjne, które stworzyły możliwości lepszego poznania prawidłowości dynamiki procesów morfogenetycznych w górach różnych stref klimatycznych.
Zakład Geomorfologii kontynuuje tradycję badań na Stacjach Naukowych. Idea tych badań została przedstawiona w 1908 roku przez Ludomira Sawickiego nad Morskim Okiem w Tatrach. Realizowana była z powodzeniem przez J. Smoleńskiego w Dolinie Pięciu Stawów w latach 1928-31. Badania te zostały rozwinięte w latach 70. i 80 XX wieku w rejonie Stacji w Gaiku, w Łazach i Krempnej.